手术伤口感染的细菌来源，可分为内源性和外源性：
内源性微生物指来自患者蔓如皮肤、鼻腔、胃肠道、阴道的细菌感染，一般为条件致病菌，在发生部位迁移寄生部位迁徙至切口)或机体抵抗力下降时造成感染；外源性微生物来源于患者例如手术室人员、环境、医生、仪器、设备、材料等，此类细菌多为致病菌。
引起切口感染的微生物多种多样，最常见的是金黄色葡萄球菌、白色葡萄球菌、革兰阴性杆菌、大肠杆菌、铜绿假单胞菌等。此外，厌氧菌已成为手术切口感染致病菌。
手术切口感染的细菌传播途径细菌传播途径包括直接接触传染、空气传染和自体传染：
直接接触传染包括手术人员和患者皮肤上的细菌通过潮湿的衣物直接或间接传入手术区域，使用未经彻底灭菌或术中被污染的器械、敷料及用品，手术时空腔脏器的内容物溢出或经手术者的手、器械等污染手术物。虽然目前没有证据指出，细菌最常经由何种途径进入切口，但术前和术后医护人员及切口护理人员的刷手和洗手是减少切口感染的一个重要因素。
手术伤口感染的侵害程度分级，也称细菌切口侵袭的分期：
(1)污染(contamination)：手术切口内存在微生物，但没有复制；此阶段处于宿主控制阶段，人体通过自身防御机制可以完全抑制细菌数量和毒力。
(2)定植(colonisation)：手术切口内存在着可复制的细菌黏附切口床上，但不会为成细胞性损害；这一阶段仍处于宿主控制中，细菌数量明确，菌群平衡。
(3)严重定植(critical colonisation)：手术切口中的微生物数量明确，菌群失衡，蔑细胞损伤增加，引发局部免疫反应，但不是全身的反应，没有临床典型的感染体征；宿主抵抗力已减弱，如不加以治疗和干预，将很快进入感染阶段。
(4)感染(Infection)：细菌大量复制，引起宿主反应，引发机体全身和局部战应，可出现各种临床症状，严重者可引起毒血症或败血症，导致生命危险。此阶段为细菌控制阶段，必须给予全身和局部的抗菌治疗。
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